Samotný oddíl při škole s dřívějším názvem Gymnázium a střední pedagogická škola Znojmo vznikl v roce 1998, kdy se parta kolem bratrů Tondy a Jirky Svobody začala pravidelně scházet do kroužku. V sezóně 2000/2001 si poprvé zahráli soutěže družstev v okresním přeboru. Do následující sezóny získali jako hosty Míru Vlka a Davida Voborného a podařilo se jim postoupit do oblastního přeboru, který si v sezóně 2002/2003 zahráli. To však již blížila doba zlomového okamžiku sloučení s oddílem PSK Znojmo v roce 2004.

Během sloučení získal zásluhou bývalého ředitele školy pana Vladimíra Holíka oddíl samostatnou právní subjektivitu a také silné družstvo hrající tehdy soutěže nazvanou jako “Divizi”, v dnešní struktuře soutěží odpovídá 2.lize. Zároveň přišli mládežníci z kroužku od pana Švandy, který fungoval pod záštitou DDM (dříve pod PSK Znojmo) do kroužku na škole a vznikl jeden velký kroužek, který funguje dodnes. Na gymnáziu se vystřídalo během dlouhých 17 let hodně trenérů např. Jan Dočekal, Zdeněk Molík (opakovaně až dodnes), David Voborný, Tonda Svoboda, Josef Petlák st., Luboš Hemala, Vojta Havel Lydka Hemalová atd.

Historie frakce příchozí z PSK Znojmo (Policejní sportovní klub Znojmo) sahá až někdy do roku 1991. Před tímto rokem fungoval po dlouhou dobu ve Znojmě šachový kroužek v oddílu TJ Znojmo. V tomto kroužku vyrostlo pod vedením trenéra pana Josefa Švandy hodně znojemských šachistů, např. Jiří Škaroupka, Robert Beseda ml., Pavel Talpa atd. A právě Jiří Škaroupka sebral oddílu TJ Znojmo v roce 1991 kroužek a odešel s ním do zázemí policejního areálu, kde měl nově vzniklý oddíl i kroužek na několik let silné zázemí díky Petrovi Kostrhounovi, který zde pracoval. Klub, ve kterém nebyli jen šachisté, ale i jiní sportovci většinou související s výkonem povolání policisty, např. judo, střelci atd., se během let různě přejmenovával, původní název byl SKPP Znojmo, dále SKP Znojmo až PSK Znojmo.

K největšímu úspěchu oddílu PSK Znojmo lze zařadit postup do 1.ligy, kterou si zahrál v sezóně 2002/2003. V této době byl však již oddíl v personální krizi, kdy nebyli činovníci ochotni se o chod oddílu starat a ani zázemí u Policie již nebylo příliš silné a tak během roku 2004 došlo k již zmíněnému přesunu celého oddílu na Gymnázium.

Nynější název klubu “SK GPOA Znojmo, spolek” vznikl v roce 2013, kdy se transformovala škola, která kromě gymnázia a pedagogické školy převzala i vedení obchodní akademie a zároveň bylo nutné v souladu s novým občanským zákoníkem zahrnout do názvu slovo spolek. Obrovskou zásluhu na dlouhodobém fungování oddílu má bývalý ředitel školy pan Vladimír Holík, který po celou dobu svého působení na škole, šachový oddíl i kroužek podporoval.